对此，Microsoft ISA Server 2004采取的应对措施是，针对每一类主流的应用， HTTP、SMTP、FTP和SQL Server数据库访问（基于RPC）都设置专门的过滤器，如果未来出现新的应用层威胁，还可以增加相应的过滤器。用户可以针对每一种过滤器进行应用相关的过滤设置，例如，可以通过限制任何HTTP访问请求的缓冲区不得超过3000个字节来防止一些蠕虫的攻击。在这种新的机制下，来自Internet的数据包被发送到各自的过滤器，过滤器会将数据包重组后进行内容扫描和判别。拿一封邮件来说，SMTP过滤器会等待相关的包到齐后，在转发之前重组邮件对其内容进行扫描，与已知类型的攻击进行比对，在确认这是正常流量后才允许通过。
用户早已习惯于把安全性和性能看成是对立的，就像在机场的安检入口，检查的步骤越多，等待安检的队伍也就越长。对于防火墙来说，性能和安全的确是一对永远的矛盾，但是应用层过滤的功能对防火墙性能的影响并没有多数用户想象得那么大，Microsoft ISA Server 2004标称每秒钟可处理超过1000个并发用户，同时保持每会话（session）27Mbps的吞吐量。事实上，有些厂商通过硬件（ASIC）实现应用层的过滤引擎，能够达到更加接近线速(可理解为以太网交换机的处理极限)的处理能力。